وما أن تمَّ بناء الكنيسة في سنة 1263 ، حتى جاء القديس بونافنتورا الى بادوا ، وكان رئيساً عاماً على الرهبنة لأجواء الفحص اللازم عن حالة رفات القديس قبل نقلها الى الكنيسة الجديدة . كان ذلك في ال 8 من نيسان /أبريل سنة 1263 بمحضر من الرهبان وأعيان المدينة . فوجدوا العظام متفككة بعضها عن بعض واللحمان قد تحولت رماداً . والرأس باقياً بجلدته وشعره ، والفم مع الأسنان بدون أنحلال ، واللسان سليماً طرياً ، أحمر اللون ، كأنه لسان أنسان حي ... مما أحدثَ في نفوس هؤلاء العيان دهشاً وسروراً . ولاسيما في نفس القديس بونافنتورا ، الذي أخذه بيده بكل أحترام ، وقبلّهُ مراراً ، وهو بباله بالعبرات . ثم هتفَ ، قائلاً :" يالساناً مباركاً ، يامن مدح الرب كل دهره ، و دعا الناس الى مدحهِ . الآن يظهر جلياً عظيم أستحقاقكَ عند( الله ) . ثم أمرَبإيداعه على حدة في إناء ثمين فاخر .وأما العظام و باقي الرفات فأمرَ بأن تظل على حالها في الناووس، الذي نُقِلَ في ذلك اليوم عينه ، و ذخيرة اللسان ، الى الكنيسة الجديدة ، في أحتفال مهيب ، ندُرَ أن يكونَ له مثيل .